Browsing by Author "Dantas, Bruno Miguel das Neves"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
- Bioinformatic pipeline specification language and sharing systemPublication . Dantas, Bruno Miguel das Neves; Vaz, Cátia Raquel Jesus; Simão, José Manuel de Campos Lages GarciaO projeto Infraestrutura de suporte à execução de fluxos de trabalho para a bioinfor matica, daqui em diante designado NGSPipes, é uma ferramenta para criação e execução de fluxos de execução de processamento e análise em serie de dados NGS(Next Generations Sequencing). O projeto NGSPipes[24] foi desenvolvido no âmbito da tese final de curso da Licenciatura em Engenharia Informática e de Computadores no Instituto Superior de Engenharia de Lisboa. O projeto NGS Pipes tem como principal objetivo, auxiliar a comunidade científica na criação e execução de pipelines de cariz biológica sem a necessidade de conhecimentos de programação. O projeto Linguagens e modelos de partilha para fluxos de trabalho de ferramentas bioinformaticas, é uma extensão do projeto NGSPipes. Este projeto tem como principal objetivo estender o NGSPipes adicionando funcionalidades essenciais para o desenvolvimento e partilha de pipelines. Para realizar esta extensão, o sistema NGSPipes foi comparado com outros sistemas de modo a definir um conjunto de características essenciais ao desenvolvimentos de pipelines. Após esta comparação, definimos uma nova linguagem de especificação mantendo as vantagens da versão anterior do NGSPipes e adicionando primitivas de paralelismo e definição de argumentos. Para permitir a cooperação entre membros da comunidade, foi desenvolvida uma plataforma para que os utilizadores possam partilhar as suas ferramentas e pipelines.