Teixeira, Pedro Noronha de Castro Machado2025-02-242025-02-242024-09http://hdl.handle.net/10400.21/21580Abstract The ability to integrate immune responses from tumour infiltrating lymphocytes, TILs, whole blood assays (WBA) from flow cytometry data with the secretome through cytokine quantification using ELISA, makes it possible to optimise immune cell therapies. A centralised repository allows clinicians and researchers to unravel the complexities of immune responses triggered by various treatments in different patient groups. It promotes understanding of how immune cell therapies orchestrate their therapeutical effect. The aggregation of immunoreaction profiles paves the way for the identification of biomarkers that can anticipate the success of immune therapy interventions. In an era of personalised medicine, where healthcare providers can tailor immunotherapies according to the patient’s unique immunological landscape, therefore an organised storage of this data is required. In addition, longitudinal monitoring of immune responses provides information on the durability and evolution of therapeutic efficacy, revealing potential resistance mechanisms that may develop over time. As a proof of concept, two main assays using peripheral blood and tumourinfiltrating lymphocytes from patients with solid tumours, have been developed and optimised. Firstly, by placing immune cells from these two sources with synthetic peptides that are the same as the peptide sequences expressed in the solid tumor or patient-specific tumors, we can reveal functionality through the production of interferon gamma, IFN obtained through an ELISA assay and through the staining of intracellular cytokine staining carried out using flow cytometry. Secondly, evaluate the immune phenotype of TILs pre and post expansion and cytokine modulation and PBMCs phenotype to observe any changes. Subsequently, we performed statistical comparison tests to find any correlation between the phenotype of the immune cells and the detection of synthetic peptides via positive interferon-gamma production to reveal the potential effector functionality of the immune cells. Essentially, the integration of TIL, WBA data with ELISA and flow cytometry techniques in a decision support system not only speeds up the refinement of immune cells that have potential, but also constitutes a promising advance in the treatment of patients, because it leverages the advancement of personalised medicine. The aim of this study is to help develop accurate and effective analyses of ELISA and flow cytometry assays with the potential to reveal treatment options, which offers renewed hope for patients battling cancer and other immunemediated diseases. This study found a relationship between the Survivin mix (1-33), Survivin (97-111) and Mesothelin MPF-11 and the selected T cells, which suggests a degree of correlation. Thus, there is a potential functionality of the T cells selected from these epithelial tumour patient samples in response to a list of 30 test peptides.A capacidade de integrar respostas imunológicas de linfócitos infiltradores de tumores, TILs, ensaios de sangue total (WBA) provenientes de dados de citometria de fluxo com o secretoma por quantificação de citocinas através da técnica de ELISA permite otimizar as terapias com células imunitárias. Um repositório centralizado torna possível aos investigadores e clínicos desvendar as complexidades das respostas imunitárias desencadeadas por vários tratamentos em diversos grupos de doentes. Promove a compreensão da forma como as terapias com células imunitárias orquestram os seus efeitos terapêuticos. A agregação de perfis de imunorreação abre caminho à identificação de biomarcadores preditivos que podem antecipar o sucesso das intervenções de terapia imunitária. Numa era de medicina personalizada, em que os prestadores de cuidados de saúde podem adaptar as imunoterapias de acordo com a paisagem imunológica única de cada doente, é necessário um armazenamento organizado destes dados. Além disso, o acompanhamento longitudinal das respostas imunitárias oferece informações sobre a durabilidade e evolução da eficácia terapêutica, revelando potenciais mecanismos de resistência que se podem desenvolver ao longo do tempo. Como prova de conceito, foram desenvolvidos e optimizados dois ensaios principais utilizando sangue periférico e linfócitos infiltrantes de tumores de doentes com tumores sólidos. Em primeiro lugar, ao colocar células imunitárias destas duas fontes em contacto com peptídeos sintéticos que são iguais às sequências peptídicas expressas no tumor sólido ou em tumores específicos do paciente, podemos revelar a funcionalidade através da produção de interferão gama, IFN obtido através de um ensaio ELISA e através da coloração de citocinas intracelulares efectuada por citometria de fluxo. Em segundo lugar, avaliámos o fenótipo imunitário das TILs antes e depois da expansão por modulação de citocinas e o fenótipo das PBMCs, para observar quaisquer alterações. Posteriormente, realizámos testes de comparação estatística para encontrar qualquer correlação entre o fenótipo das células imunitárias e a deteccão dos peptídeos sintéticos com produção positiva de interferão-gama, para revelar a potencial funcionalidade efectora das células imunitárias. Essencialmente, a integração de dados de TIL e WBA com técnicas ELISA e de citometria de fluxo num sistema de apoio à decisão não só acelera o refinamento das células imunitárias com potencial, como também constitui um avanço promissor na identificação de células imunitárias com potencial, mas também constitui um avanço promissor no tratamento dos doentes, porque alavanca o avanço da medicina personalizada. Este estudo tem como objetivo ajudar a desenvolver um armazenamento de análises precisas e eficazes dos ensaios ELISA e de citometria de fluxo com potencial de revelar opções de tratamento, que oferece uma esperança renovada para doentes que lutam contra o cancro e outras doenças imuno-mediadas. Este estudo encontrou uma relação entre a Survivin mix (1-33), a Survivin (97-111) e a Mesotelina MPF-11 e as células T seleccionadas, o que sugere um grau de correlação. Assim, existe uma potencial funcionalidade das células T selecionadas destas amostras de pacientes com tumor epitelial em resposta a uma lista de 30 péptidos sujeitos a ensaio.engAdoptive cellt therapyTumor infiltrating lymphocytesPythonTumor associated antigensTerapia celular adotivaLinfócitos infiltradores de tumoresAntigénios associados a tumoresmaster thesis